Tegenwoordig wordt veel aandacht besteed aan de preventie van fantoompijn. Volgens de theorie dat fantoompijn een 'herinneringspijn' zou zijn en het feit dat vroege pijnbestrijding pijn in een latere fase zou voorkomen, is speciale aandacht besteed aan de pijnbestrijding vóór de amputatie. Fantoompijn zou mogelijk afnemen door anesthesiologische zenuwblokkades vóór de operatie. Diverse onderzoekers konden met deze methode echter geen enkel positief resultaat constateren.
Een sluitende verklaring voor het ontstaan van fantoompijn is er niet. In ieder geval is onomstotelijk vastgesteld dat de oorzaak van fantoompijn niets te maken heeft met ernstige psychische afwijkingen. Zoals echter bij elke chronische pijn kunnen psychologische invloeden wel de pijn en pijnervaring beïnvloeden.
Waarschijnlijk ligt de oorzaak in zowel het perifere als centrale zenuwstelsel. Voor een meer centrale oorzaak pleit de waarneming dat bij een patiënt fantoompijn verdween na een herseninfarct in het pijnregulerende centrale (thalamocorticale) systeem.